A Microbiologia industrial é a área da Microbiologia que utiliza micro-organismos em processos industriais com objetivo de produzir bens e serviços. O interesse da microbiologia industrial está na aplicação de conhecimentos científicos básicos para o uso de micro-organismos com potencial para obter produtos e/ou processos de interesse comercial, ambiental e social, como por exemplo, fármacos, vacinas, componentes para diagnóstico, alimentos, bebidas, polímeros, combustíveis, produtos agropecuários e tratamento de resíduos. A Microbiologia Industrial também pode ser denominada como Biotecnologia Microbiana.

A Microbiologia Ambiental é uma área da ciência que se dedica ao estudo da fisiologia, genética, interações e funções dos microrganismos no ambiente, e faz uso deste conhecimento com o objetivo maior de manter a qualidade ambiental e contribuir para o desenvolvimento sustentável da sociedade moderna.

Mais do que nunca, a Microbiologia Ambiental hoje faz parte do cenário científico mundial como uma área de estudos fundamental e inserida em diversos temas de grande importância, como biorremediação, biocatálise, biocombustíveis, controle biológico, fertilizantes, dentre outros.

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