A Microbiologia Veterinária compreende o estudo de aspectos estruturais, fisiológicos, metabólicos e de interação com o hospedeiro dos microrganismos envolvidos na etiologia de doenças em animais de diferentes espécies. Também está relacionada à compreensão da resistência antimicrobiana, seus mecanismos e as possíveis alternativas terapêuticas frente a este importante desafio da atualidade.
Outro campo de interesse é o estudo das doenças com potencial zoonótico e daquelas transmitidas a partir de alimentos de origem animal.