A partir da análise da árvore filogenética de 16S rRNA constituída por todas as linhagens-tipo, os isolados clínicos e o outgroup, foi possível observar a formação de dois grandes grupos. O primeiro grupo é formado por S. maltophilia, S. africana e todos isolados deste trabalho, já o segundo grupo é formado apenas pelas linhagens-tipo das espécies de origem ambiental. A análise da árvore de uvrB, constituída por todas as linhagens-tipo, os isolados clínicos e o outgroup, poderia ser interpretada como conflituosa quando comparada com os resultados obtidos através da árvore de 16S rRNA, no entanto, esse resultado pode ser explicado devido ao fato de o fragmento amplificado do gene uvrB apresentar tamanho em torno de 1200pb e a região sequenciada foi somente de 300pb, dessa forma um fragmento tão reduzido pode não ser informativo o suficiente ou incongruente para a taxonomia do gênero Stenotrophomonas. A não amplificação do gene nifH é uma evidência da possível perda do conjunto de genes nif pelos isolados clínicos. Do ponto de vista evolutivo, esta alteração genômica é muito importante para os isolados clínicos que não necessitam fixar nitrogênio para sobreviver nos hospedeiros. Dessa forma, os mutantes para os genes nif crescem e multiplicam-se mais rapidamente, apresentando grande vantagem para colonizar hospedeiros quando comparados a linhagens ambientais que apresentam os genes nif e fixam nitrogênio.