A variedade de processos bióticos e abióticos presente nos ecossistemas aquáticos proporciona uma heterogeneidade ambiental que pode influenciar os padrões biogeográficos microbianos. Sendo assim, a ocorrência ou não de organismos pode ser explicada não só por fatores físico-químicos observáveis, mas também por interações bióticas de elevada complexidade. O presente estudo objetivou avaliar a relação entre a abundância de coliformes totais e Escherichia coli e variáveis físico-químicas em amostras de água provenientes do canal de irrigação e canal de drenagem da Estação Experimental do Arroz do Instituto Rio Grandense do Arroz - EEA/IRGA, em Cachoeirinha, RS. As amostras de água foram coletadas semanalmente no período de outubro a abril, do ciclo agrícola 2006/07, no Rio Gravataí - Irrigação (I), e na drenagem das lavouras (D) da EEA/IRGA. No Laboratório de Microbiologia da UNISINOS, a análise das amostras foi efetivada pelo método ColilertÒ (IDEXX). As variáveis ambientais utilizadas foram: temperatura do ar, pluviosidade, condutividade elétrica, turbidez, pH e nutrientes: nitrogênio, fósforo, potássio e cálcio. Os resultados foram expressos em NMP/100 mL de coliformes totais e E. coli, e submetidos à análise de Regressão Linear pelo programa Systat 12. Na Irrigação, a relação entre os parâmetros abióticos analisados e a abundância de bactérias do grupo dos coliformes totais não foi significativa. Para a bactéria E. coli, o parâmetro abiótico temperatura demonstrou relação significativa negativa com a abundância (F_1,19 = 8,330, p< 0,009). Em D a variável ambiental turbidez demonstrou relação significativa com a abundância de bactérias do grupo dos coliformes totais (F_1,19 = 9,548, p< 0,006). A radiação solar é prejudicial aos microorganismos e a presença de turbidez na água dificulta a penetração desta. Portanto, altos índices de turbidez, minimizam os efeitos nocivos da radiação sobre as bactérias do grupo coliforme. Baseado nos resultados obtidos pode-se concluir que a turbidez na água exerce influência positiva em relação à proliferação dos grupos bacterianos. Contudo, a ausência de relação significativa entre os grupos bacterianos e os demais parâmetros físico-químicos analisados corrobora a complexidade dos fatores ambientais presentes nos microhabitats aquáticos e ressalta a necessidade de estudos que avaliem estas características simultaneamente.