As infecções de trato urinário (ITU) estão entre as infecções mais comuns na comunidade. Staphylococcus saprophyticus é o segundo agente etiológico mais isolado em mulheres jovens. Entretanto, a epidemiologia molecular deste microrganismo ainda é pouco estudada. Desta forma, o objetivo do presente estudo foi analisar a diversidade genética de S. saprophyticus isolados de pacientes com ITU atendidas em serviços de pronto-atendimento de dois hospitais no município do Rio de Janeiro entre 2005 e 2006. Neste período, 204 ITU foram diagnosticadas entre 374 pacientes, sendo S. saprophyticus responsável por 16,2% (n = 33) das pacientes com ITU. As amostras foram caracterizadas quanto à susceptibilidade aos antimicrobianos através do método de disco difusão e a resistência à oxacilina foi determinada por meio da reação em cadeia da polimerase para o gene mecA. A diversidade genética foi analisada pela pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) e o programa GelCompar. Resistência foi observada apenas para o trimetoprim-sulfametoxazole (36,4%) e para a penicilina (27,3%). O gene mecA não foi detectado em nenhuma das amostras analisadas. Um total de 30 perfis de PFGE foi observado entre as 33 amostras. Dez grupos clonais, contendo de 2 a 9 amostras cada com > 85% de similaridade (com até 4 diferenças de bandas), foram identificados. Dois perfis de PFGE foram comuns a mais de uma amostra, sendo um destes compartilhado por três amostras isoladas em 2005, as três resistentes ao trimetoprim-sulfametoxazole, e o outro por duas amostras isoladas em 2006, uma resistente a ampicilina e a outra ao trimetoprim-sulfametoxazole. Estas pacientes não apresentavam relação epidemiológica entre si. Estes dados sugerem que determinadas linhagens de S. saprophyticus podem estar associadas a ITU comunitária e a possibilidade de existência de uma fonte comum para amostras uropatogênicas.